जौनपुर सड़क और रेल दोनों से अच्छी तरह जुड़ा है। शहर में एक व्यस्त बस अड्डा है जहाँ से वाराणसी, इलाहाबाद, लखनऊ और अन्य प्रमुख शहरों के लिए बार-बार बसें चलती हैं। स्थानीय परिवहन में ऑटो-रिक्शा, ई-रिक्शा और शेयर्ड टेम्पो शामिल हैं।